Леа, Раф, Майкі і Доні — чарапашкі-мутанты, якія навучыліся баявому майстарству ніндзюцу ў свайго настаўніка — Майстара Сплінтара. Выбраўшыся з каналізацыі на вуліцы Нью-Ёрка, браты аказваюцца ў бурлівым жыццём мегаполісе. Тут ім прыйдзецца нястомна супрацьстаяць самым крыважэрным злачынцам у гісторыі чалавецтва. Змагаючыся са Шрэддарам, гідкімі іншапланецянамі Крэнгамі ды натоўпамі звышмагутных мутантаў, чарапашкі вучацца стаяць адзін за аднаго сцяной.